Szkolenie Nextflow¶
-
Kursy do samodzielnej nauki
Witaj w portalu szkoleniowym społeczności Nextflow!
Kursy wymienione poniżej zostały zaprojektowane jako materiały do samodzielnej nauki. Możesz je przerabiać we własnym tempie, w dowolnym momencie — zarówno w środowisku webowym udostępnianym przez nas za pośrednictwem Github Codespaces, jak i we własnym środowisku.
-
Dodatkowe informacje
Zgodność wersji
Od stycznia 2026 roku wszystkie nasze kursy szkoleniowe Nextflow wymagają Nextflow w wersji 25.10.2 lub nowszej z aktywną ścisłą składnią, o ile nie zaznaczono inaczej.
Więcej informacji na temat wymagań dotyczących wersji i ścisłej składni znajdziesz w przewodniku migracji dokumentacji Nextflow.
Starsze wersje materiałów szkoleniowych odpowiadające poprzedniej składni są dostępne za pomocą selektora wersji na pasku menu tej strony.
Opcje środowiska
Udostępniamy webowe środowisko szkoleniowe, w którym wszystko, czego potrzebujesz do nauki, jest już zainstalowane — dostępne przez Github Codespaces (wymaga bezpłatnego konta GitHub).
Jeśli to rozwiązanie Ci nie odpowiada, zapoznaj się z innymi opcjami środowiska.
Wydarzenia szkoleniowe
Jeśli wolisz uczyć się Nextflow w ramach zorganizowanego wydarzenia, masz do wyboru wiele możliwości. Polecamy sprawdzić następujące opcje:
- Training Weeks — organizowane kwartalnie przez zespół społeczności
- Seqera Events — stacjonarne wydarzenia szkoleniowe organizowane przez Seqera (szukaj „Seqera Sessions" i „Nextflow Summit")
- Nextflow Ambassadors — organizują wydarzenia dla swoich lokalnych społeczności
- nf-core events — hackathony społecznościowe
Informacje dla prowadzących szkolenia
Jeśli jesteś instruktorem prowadzącym własne szkolenia, możesz korzystać z naszych materiałów bezpośrednio z portalu szkoleniowego, pod warunkiem odpowiedniego podania źródła. Szczegóły znajdziesz w sekcji „Licencja i wkład" poniżej.
Chętnie dowiemy się też, jak możemy lepiej wspierać Twoje działania szkoleniowe! Skontaktuj się z nami pod adresem community@seqera.io lub na forum społeczności (zob. strona Pomoc).
Licencja open-source i polityka wkładu
Materiały szkoleniowe są opracowywane i utrzymywane przez Seqera i udostępniane na licencji open-source (CC BY-NC-SA) z korzyścią dla społeczności. Jeśli chcesz wykorzystać te materiały w sposób wykraczający poza zakres licencji (zwróć uwagę na ograniczenia dotyczące użytku komercyjnego i redystrybucji), skontaktuj się z nami pod adresem community@seqera.io, aby omówić swoją prośbę.
Chętnie przyjmujemy ulepszenia, poprawki i zgłoszenia błędów od społeczności. Na każdej stronie w prawym górnym rogu znajduje się ikona , która prowadzi do repozytorium kodu — tam możesz zgłaszać problemy lub proponować zmiany w materiałach szkoleniowych za pomocą pull request. Więcej szczegółów znajdziesz w pliku
README.mdw repozytorium.
Tłumaczenie wspomagane przez AI
To tłumaczenie zostało stworzone przy użyciu sztucznej inteligencji i zweryfikowane przez ludzkich tłumaczy. Zachęcamy do przesyłania opinii i sugestii ulepszeń. Więcej informacji znajdziesz w naszym przewodniku tłumaczenia.
Katalog kursów szkoleniowych Nextflow¶
-
Ścieżka dla początkujących
Nextflow dla nowych użytkowników¶
Kursy niezależne od dziedziny, przeznaczone dla osób zupełnie nowych w Nextflow. Każdy kurs składa się z serii modułów szkoleniowych, które pomagają stopniowo rozwijać umiejętności.
Hello Nextflow: Naucz się tworzyć własne pipeline'y
Kurs obejmuje podstawowe komponenty języka Nextflow w stopniu wystarczającym do tworzenia prostych, ale w pełni funkcjonalnych pipeline'ów, a także kluczowe elementy projektowania, rozwijania i konfigurowania pipeline'ów.
Nextflow Run: Naucz się uruchamiać istniejące pipeline'y
Zwięzłe wprowadzenie do uruchamiania i konfigurowania pipeline'ów Nextflow, oparte na kursie deweloperskim Hello Nextflow, ale z mniejszym naciskiem na kod. Obejmuje uruchamianie, wyniki, podstawową strukturę kodu oraz konfigurację dla różnych środowisk obliczeniowych.
Nextflow dla nauki¶
Naucz się stosować koncepcje i komponenty przedstawione w „Hello Nextflow" do konkretnych zastosowań naukowych.
Nextflow for Genomics (wykrywanie wariantów)
Dla badaczy, którzy chcą nauczyć się tworzyć własne pipeline'y genomiczne. Kurs wykorzystuje przypadek użycia wykrywania wariantów, aby pokazać, jak zbudować prosty, ale funkcjonalny pipeline genomiczny.
Nextflow for RNAseq (bulk RNAseq)
Dla badaczy, którzy chcą nauczyć się tworzyć własne pipeline'y RNAseq. Kurs wykorzystuje przypadek użycia przetwarzania bulk RNAseq, aby pokazać, jak zbudować prosty, ale funkcjonalny pipeline RNAseq.
Nextflow for Imaging (spatial omics)
Dla badaczy zajmujących się obrazowaniem i spatial omics, którzy chcą nauczyć się uruchamiać i dostosowywać pipeline'y analityczne. Kurs wykorzystuje pipeline nf-core/molkart, aby na biologicznie istotnym przykładzie pokazać, jak uruchamiać Nextflow'a, konfigurować go i zarządzać danymi wejściowymi.
-
Ścieżka zaawansowana
Od Nextflow do nf-core¶
Naucz się korzystać z kodu i najlepszych praktyk projektu społecznościowego nf-core.
Te kursy przeprowadzą Cię od podstaw Nextflow do najlepszych praktyk nf-core. Dowiedz się, jak i dlaczego społeczność nf-core buduje pipeline'y, oraz jak możesz wnosić wkład i ponownie wykorzystywać te techniki.
Hello nf-core: Pierwsze kroki z nf-core
Dla deweloperów, którzy chcą nauczyć się uruchamiać i rozwijać pipeline'y zgodne z nf-core. Kurs omawia strukturę pipeline'ów nf-core w stopniu wystarczającym do tworzenia prostych, ale w pełni funkcjonalnych pipeline'ów zgodnych z szablonem i najlepszymi praktykami nf-core, a także do korzystania z istniejących modułów nf-core.
Zaawansowane szkolenie Nextflow¶
Poznaj zaawansowane koncepcje i mechanizmy tworzenia oraz wdrażania pipeline'ów Nextflow w rzeczywistych zastosowaniach.
Side Quests: Dogłębne omówienie wybranych tematów
Samodzielne mini-kursy przeznaczone dla deweloperów Nextflow, którzy chcą poszerzyć swoje horyzonty lub pogłębić wiedzę w konkretnych obszarach. Są ułożone liniowo, ale można je realizować w dowolnej kolejności (zob. zależności w przeglądzie każdego mini-kursu).
Training Collections: Zalecane ścieżki nauki przez Side Quests
Training Collections łączą wiele Side Quests, aby zapewnić kompleksowe doświadczenie edukacyjne wokół określonego tematu lub przypadku użycia.
Szukasz archiwalnych materiałów szkoleniowych?
Starsze materiały szkoleniowe (Fundamentals Training, Advanced Training i inne kursy eksperymentalne) zostały usunięte z portalu szkoleniowego, ponieważ są niezgodne ze ścisłą składnią Nextflow 3.0. Jeśli potrzebujesz dostępu do tych materiałów, są one dostępne w historii git sprzed stycznia 2026 roku.
