Side Questscourse¶

Podsumowanie kursu

Tłumaczenie wspomagane przez AI - dowiedz się więcej i zasugeruj ulepszenia

Side Quests to samodzielne mini-kursy szkoleniowe, które zgłębiają konkretne tematy związane z Nextflow'em.

Każdy side quest można przejść niezależnie, w dowolnej kolejności, zgodnie z własnymi zainteresowaniami i potrzebami.
Dodatkowe informacje

Wymagania techniczne

Będziesz potrzebować konta GitHub LUB lokalnej instalacji Nextflow'a. Szczegóły znajdziesz w Opcjach środowiska.
Cele szkoleniowe
- Skonfiguruj produktywne środowisko programistyczne Nextflow'a
- Stosuj zaawansowane wzorce skryptowe do złożonych transformacji danych
- Obsługuj i propaguj metadane przez wieloetapowe workflow'y
- Dziel i grupuj kanały danych do przetwarzania równoległego i szeregowego
- Testuj workflow'y Nextflow'a przy użyciu nf-test
- Twórz złożone pipeline'y z wielokrotnie używanych, nazwanych modułów workflow'ów
- Efektywnie pracuj z plikami przy użyciu operacji na plikach w Nextflow
- Systematycznie debuguj typowe problemy z workflow'ami
- Używaj i twórz wtyczki do Nextflow'a
Odbiorcy i wymagania wstępne
- Odbiorcy: Ten zbiór jest przeznaczony dla osób, które ukończyły kurs dla początkujących Hello Nextflow i chcą zgłębić konkretne tematy.
- Umiejętności: Zakładamy doświadczenie z linią poleceń oraz znajomość podstawowych koncepcji i narzędzi Nextflow'a.
- Kursy: Wymagane ukończenie kursu Hello Nextflow lub równoważnego.

Przegląd kursu¶

Jeśli po raz pierwszy zagłębiasz się w Side Quests, zacznij od strony Orientacja, gdzie znajdziesz omówienie środowiska szkoleniowego i materiałów.

Side Quests¶

Side Quest	Opis	Szacowany czas
Środowisko programistyczne	Skonfiguruj produktywne lokalne środowisko programistyczne Nextflow'a	45 min
Podstawowe wzorce skryptowe	Zaawansowane techniki skryptowe dla typowych wyzwań w workflow'ach	90 min
Przetwarzanie plików wejściowych	Obsługa plików, operacje na ścieżkach i organizacja wyników	45 min
Metadane i mapy metadanych	Używanie map metadanych do śledzenia i propagowania informacji o próbkach	45 min
Dzielenie i grupowanie	Techniki dzielenia i ponownego grupowania kanałów danych	45 min
Testowanie za pomocą nf-test	Pisanie i uruchamianie testów dla workflow'ów Nextflow'a	1 godzina
Rozwiązywanie problemów z workflow'ami	Identyfikowanie i naprawianie typowych błędów w workflow'ach	1 godzina
Workflow'y złożone z workflow'ów	Tworzenie złożonych pipeline'ów z wielokrotnie używanych, nazwanych modułów	30 min
Tworzenie wtyczek	Używanie i tworzenie wtyczek do Nextflow'a	3 godziny

Rozpocznij

Daj nam znać, jakie inne tematy chciałbyś tutaj zobaczyć, publikując wpis w sekcji Training na forum społeczności.